Město bylo získáno byzantskou říší v roce 961 nl po mnoha neúspěšných pokusech. Poté, co křižáci v roce 1204 okupovali Konstantinopol, dali Krétu Bonifáce z Monferratu, který prodal ostrov Benátkám za tisíc kusů stříbra. Pod benátskou vládou umění vzkvétalo a „Candia“, jak ji Benátané přejmenovali, se stala centrem učení. Mnoho učenců a umělců se uchránilo v Candii po pádu Konstantinopole v roce 1453. Benátčané začali stavět městské hradby v roce 1462, které byly dokončeny o více než století později. Stěny byly dlouhé 4 km, trojúhelníkového tvaru a měly sedm bašt. Benátčané také postavili přístav a různá další mistrovská architektonická díla. Zdi prokázaly svou odrazující sílu, když bylo město obléháno 21 let, jedno z nejdelších obléhání v historii. K definitivní kapitulaci došlo v roce 1669 poté, co bylo zabito 100 000 Turků a 30 000 Benátčanů. Kréťané byli tureckou okupací těžce rozzlobeni a proti Turkům byla vedena nepřetržitá partyzánská válka a na oplátku Turci často dělali odvetu proti krétskému obyvatelstvu ve městech. Velikost Iraklionu rostla po spojení s Řeckem v roce 1913. Nicméně, jeho strategické umístění znovu dělalo to cíl pro invazní síly v 1941. Německé bombardování během bitvy na Krétě způsobilo značné škody a po válce bylo město značně přestavěno. Chania byla původně hlavním městem Kréty. Administrativní centrum Kréty bylo v roce 1971 přemístěno do Iraklionu.
