Historici a vědci věří, že je možné, že Kailua byl domovem havajských rodin alespoň před 1500 lety. Předpokládá se, že nejstarší osadníci lovili   na svazích kolem Kawainui Marsh. Zpráva biskupského muzea o archeologických vykopávkách bažinatých usuzuje, že když byly bažinaté svahy poprvé obsazeny kolem roku 500 nl, nebylo zde možné zemědělství. Zpráva uvedla, že ranní havajští obyvatelé Kailua zřejmě žili vedle laguny nebo zálivu otevřeného k moři stovky yardů na břehu dnešního pobřeží. V 16. století přitahovala Kailua ali’i, kteří rodili mnoho bohatých havajských legend, z nichž některé lze nalézt v písemných a ústních vzpomínkách v Havajských státních knihovnách. Narodilo se zde mnoho legend, včetně menehune, o nichž bylo známo, že pracují v noci v Kaiwainui Marsh a mo’o, kteří se podobali velkému ještěrovi, který přitahoval ryby. Před příchodem kapitána Cooka byla Kailua hustě osídlena a byla starobylým hlavním městem králů O’ahuů. Největší událost v Kailua a celá strana Windward byla v roce 1795, kdy král Kamehameha I. dobyl O’ahua v jeho snaze sjednotit Havajské ostrovy.