Nagasaki je hlavní a největší město prefektury Nagasaki ležící na jihozápadním pobřeží Kjúšú. Nagasaki leží v čele dlouhé zátoky, která tvoří nejlepší přírodní přístav na jihojaponském domovském ostrově Kjúšú. Hlavní obchodní a rezidenční oblast města leží na malé pláni poblíž konce zálivu. Dvě řeky rozdělené horským výběžkem tvoří dvě hlavní údolí, ve kterých město leží. Silně zastavěná oblast města je omezena terénem na méně než 4 čtvereční míle z celkových asi 35 čtverečních mil ve městě jako celku. Město bylo po válce přestavěno, i když dramaticky změněno, jako každé město po tak kolosálních škodách. Byly postaveny nové chrámy a také nové kostely, protože křesťanská přítomnost nikdy nevymřela a po válce dokonce dramaticky vzrostla. Některé z trosek byly ponechány jako památník, jako například brána torii s jednou nohou a kamenný oblouk poblíž přízemí. Nové stavby byly také postaveny jako památníky, jako je Muzeum atomové bomby. Nagasaki zůstává především přístavním městem, které podporuje bohatý lodní průmysl a představuje silný příklad vytrvalosti a míru.